El Instituto Oncológico es uno de los proyectos emblemáticos de la Obra Social de kutxa y el mejor valorado por la sociedad guipuzcoana. Inició su andadura en el año 1928, con un centro que daría lugar en el año 1933 a la fundación del Instituto Radio-Quirúrgico de Gipuzkoa, una iniciativa a la que contribuyó la antigua Caja de Ahorros Provincial de Gipuzkoa. Esta colaboración entre ambas instituciones se convertiría en mecenazgo en el año 1952, cuando la Caja asumió el mantenimiento y gestión del Instituto.
Puede afirmarse que la historia del servicio de medicina nuclear del Oncológico representa, en esencia, la propia historia de la medicina nuclear, ya que ésta se inició con los primeros médicos que procedían de otras especialidades y que comenzaron a trabajar con los isótopos radiactivos. Luego llegaron los equipos de médicos que trabajaron como radiólogos y, en la actualidad, se trabaja con destacados especialistas en medicina nuclear.
Algunas fechas importantes en la historia del Instituto Oncológico, son las siguientes: en 1954, se firmó el primer convenio de colaboración con la Seguridad Social; en 1963, se inauguró la primera Bomba de Cobalto; en 1974, se amplió el edificio, se creó el servicio de radiofísica y se actualizó el de radioterapia; en 1976, se realizó la primera campaña de diagnóstico precoz en las localizaciones tumorales de mama y útero, y se dotó al Servicio de Medicina Nuclear con una Scannicámara; en 1978, se firmó un nuevo concierto de colaboración con el Insalud, el cual fue asumido por Osakidetza-Servicio Vasco de Salud en 1988; en 1989, se creó una Unidad de Reanimación post-quirúrgica; en 1991, se instaló el primer acelerador lineal.
En 1993, el Instituto Oncológico emprendió un cambio fundamental en la dinámica funcional de sus servicios, orientándose hacia el abordaje multidisciplinar de todos los pacientes, lo que cristalizó en la creación de las Unidades Funcionales.
Durante la década de los noventa del pasado siglo, y siempre apoyado por la Obra Social de kutxa, el Instituto Oncológico emprendió un proceso constante de modernización para desarrollar su labor en la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de cáncer, lo que le llevó a situarse como uno de los centros líderes en el Estado en lo que respecta al tratamiento de las enfermedades oncológicas.
El centro ha ido creciendo con el paso de los años, un crecimiento que se ha visto reflejado en todos los ámbitos, tanto en el número de servicios ofrecidos, en los tratamientos hospitalarios y ambulatorios, en los servicios de análisis y diagnóstico precoz, como, por supuesto, en el número de pacientes.